
Notas -> custo: como a nota de compra vira custo real
Veja quanto do valor das suas notas já virou custo no comercial e o que ainda falta destravar - medido em reais, não em contagem.
Custo, margem e saldo não são campos que você preenche. Eles são calculados a partir do que você registra - compras, vendas, preços e contagens - e aparecem projetados na ficha do produto, na aba Comercial. Como são calculados na hora da leitura, eles se atualizam sozinhos sempre que um dado novo entra. Você nunca "salva o custo": você registra as compras, e o custo aparece.
O custo de um produto é o custo médio ponderado das compras recebidas dele. A cada nova compra, o custo se ajusta juntando a quantidade e o valor da entrada nova com o que já havia - por isso o número pode mudar a cada nota que chega.
O custo de cada compra não é só o preço da mercadoria. A plataforma compõe o custo somando os encargos que ficam na conta:
Somam ao custo: frete, seguro, outras despesas, IPI e ICMS-ST (quando informados na nota da compra).
Subtrai: desconto comercial da linha.
Pode subtrair: os tributos que a sua empresa consegue recuperar (creditar). Isso depende do seu regime tributário.
Esses valores entram como você (ou a nota) informou - a plataforma não inventa alíquota. Quando falta uma informação de crédito, ela erra para o lado conservador: prefere mostrar um custo um pouco maior a exagerar a sua margem. Nesses casos a ficha sinaliza que o custo é conservador.
Para ver essa conta aberta item a item, abra a compra em Comercial > Compras e leia o bloco Custo composto: ele mostra de onde vem o custo de cada item - produto, frete, seguro, outras despesas, IPI, ICMS-ST e o crédito recuperável abatido.

A margem é simplesmente preço vigente menos custo, calculada para cada tabela. Como o preço de Varejo e o de Atacado são diferentes, a margem também é - o mesmo custo, dois preços, duas margens. É por isso que registrar o preço real da venda importa tanto: a margem só é verdadeira se o preço for verdadeiro.
Um cuidado de leitura: o preço de gôndola no Brasil já embute impostos de venda. Então a margem calculada sobre esse preço é um markup de revenda, não a margem líquida final depois de todo imposto. É a régua certa para comparar produtos entre si e para as metas de margem.
O saldo de estoque real é a última contagem confirmada mais tudo que entrou (compras) e saiu (vendas) desde a data dela. Só contam as transações que aconteceram de fato; compras apenas confirmadas ou canceladas não entram. Por isso a contagem é tão importante: ela é o ponto de partida do saldo (veja "Contagem de estoque").
Custo, margem e saldo são tratados como o saldo de uma conta bancária: o extrato (as compras, vendas e contagens) é o que fica guardado; o saldo é a soma de tudo, calculada quando você olha. Isso garante que, ao corrigir um lançamento antigo, todos os números se reajustam sozinhos, sem ninguém precisar recalcular à mão.
Um caso que confunde muita gente é a diferença entre cancelar e devolver. Siga para "Cancelamento vs devolução: dois fatos diferentes".

Veja quanto do valor das suas notas já virou custo no comercial e o que ainda falta destravar - medido em reais, não em contagem.
Entenda as tabelas de Varejo e Atacado, onde definir o preço de cada produto e por que todo repreço fica guardado.

Faça a contagem de estoque bipando ou por planilha, confirme para congelar o saldo esperado e veja onde há divergência.

Traga muitas compras ou vendas de uma vez por planilha, mapeando as colunas e corrigindo as linhas com erro antes de gravar.